Fondato nel 1968, si trova su via Risorgimento, nel cuore del centro storico cittadino. L’edificio, composto da due piani, contiene tutti i più significativi reperti provenienti dalle zone archeologiche dell’intero territorio crotonese. In particolare ricchissimi rinvenimenti archeologici provengono dal Santuario di Hera Lacinia sito in Capo Colonna.
Ben documentata l’età del ferro con ricchi corredi funerari e manufatti provenienti dall’area provinciale di Crotone e vasi ed anfore distinti in base alla provenienza: corinzia, calcidese, attica ed italiota. Una vasta sezione è dedicata al cosiddetto “tesoro di Hera Lacinia”, una sala votiva con oggetti di altissimo valore artistico, rinvenuti nel Parco Archeologico di Capo Colonna. Tale ricco patrimonio comprende capolavori come la sfinge alata, la gorgone, la barchetta nuragica.

Tra questi spicca lo splendido Diadema Aureo, conosciuto anche come “corona di Hera”, costituito da una fascia in lamina d’oro che sviluppa una decorazione a treccia all’interno mentre all’esterno vi è una linea con foglie e bacche sostenute da fili intrecciati. Non si conoscono attualmente gioielli simili nelle medesime condizioni conservative tali da far capire la provenienza della corona e la sua destinazione, sebbene alcuni studiosi ipotizzano che fosse il coronamento di un simulacro della dea Hera Lacinia.

Altre sezioni documentano i santuari della zona: quello di Apollo Aleo a Krimisa (Punta Alice a Cirò Marina), il tempio dorico di Kaulonia e un’area di culto a Punta Stilo. Nel 2007 il patrimonio museale si è arricchito di un altro reperto molto prezioso, proveniente da uno scavo clandestino di Strongoli e finito nel 1992 al Paul Getty Museum di Malibù, in California. Si tratta di un askos, un unguentario di bronzo del V secolo raffigurante una sirena con corpo di uccello e testa di donna.